Начало 31-го тысячелетия
Великий Крестовый Поход движется по галактике для воссоединения человечества, разбросанного среди звезд. Под властью Терры и Императора склоняются миллионы миров, а многочисленные цивилизации ксеносов истребляют. Армии Императора во главе с примархами – Его сыновьями, сверхсуществами и повелителями легионов космического десанта – завоёвывают большую часть галактики. Среди примечательных событий – исчезновение из анналов истории двух легионов космодесанта вместе с их примархами. Трагические события минувших дней засекречены на высшем уровне, а любые свидетельства попросту уничтожаются. Судьбы потерянных сыновей Императора остаются неизвестны, ибо даже статуи в Имперском Дворце, показывавшие их величие, пропадают с постаментов. Великий Крестовый Поход близится к завершению. Это эпохальное предприятие, внушавшее столько надежд и превосходящее всё, что раньше случалось с человечеством, вскоре будет уничтожено в серии величайших катастроф, кульминацией которых станет гражданская война, смута и раздробление Империума.
Для того, чтобы раз и навсегда искоренить идею обожествления Императора, был выбран самый яркий пример акции иконоборства – порицание Лоргара Аврелиана и его легиона Несущих Слово, долгое время подозревавшихся в поклонении Императору как божеству. С искусным драматизмом легион Ультрадесанта проводит карательную операцию в «Идеальном городе», столице Монархии, служившей примером веры XVII легиона. Обращённая в руины и покрытая пеплом, столица Монархии становится местом показательного унижения Лоргара и его Несущих Слово. Ультрамарины вместе со своим примархом Робаутом Жиллиманом надменно наблюдают, как легион Лоргара встал на колени перед Императором и пообещал отречься от своих убеждений. Несущие Слово, омраченные случившимися событиями, решают всерьёз выполнить данное обещание. Легион отправляется в паломничество через всю галактику, дабы открыть для себя место в Империуме. Вскоре Лоргар покидает легион и отправляется в одиночное путешествие, длившееся годы и приведшее его на Терру. Встретившись со своим Отцом, Лоргар наконец находит своё предназначение. Что было сказанно в священных залах Имперского Дворца остаётся загадкой, но когда Лоргар вновь возвратился к Несущим Слово, он объявил их Вестниками Имперской Истины и навсегда отрекается от своих ложных идей. И хотя некоторые члены легиона противятся новому порядку, вскоре все разногласия исчезают. Исчезают точно так же, как исчез Магистр Веры Кор Фаэрон. Доклад Легио Кустодес, которые служили смотрителями XVII легиона на протяжении пятидесяти лет, говорит, что Имперские Вестники являются самыми верными последователями Имперского Кредо, а вместе с их рвением и военными успехами это ставит их в один ряд с самыми прославленными легионами космодесанта. Опасность исчезновения ещё одного легиона была устранена.
Несмотря на явную необходимость разного рода мутантов для существования Империума, таких как навигаторы или астропаты, многочисленные влиятельные фигуры Империума всё больше возмущает сложившееся положение вещей. Многие знатные лорды, члены Адептус Терра, генералы Имперской армии и даже сами примархи, выдвигают обвинения против, как им казалось, ярчайшего символа угрозы псайкеров – Магнуса Красного, примарха легиона Тысячи Сыновей. Дабы навсегда остановить распри по поводу угрозы псайкеров распространявшиеся по Империуму со скоростью лесного пожара, Император созывает Совет на нестабильном вулканическом мире называемом Никея. На заседании Совета были высказаны многочисленные обвинения в адрес одноглазого Короля-Чародея. Для находившегося в состоянии войны Империума первостепенное значение имели мнения имперских генералов и полководцев. Те, кто выступал против Магнуса, ожидали поддержку со стороны Лемана Русса и Мортариона, примархов Космических Волков и Гвардии Смерти, но как выяснилось, помощь с их стороны оказалась незначительной. Мортарион, всегда считавшийся ненавистником псайкеров, проявлял глубочайшее уважение к своему Отцу, и верил, что замысел Императора касавшийся его братьев-примархов, был более сложен, чем могло показаться на первый взгляд. Не удивив тех, кто знал характер Повелителя Жнецов, Мортарион выбрал позицию молчаливого наблюдателя. Русс, однако, был напыщен и зол как никогда. И хотя вначале он и выступал за сторону обвинения, аргументы, приведённые Лоргаром, вступившимся за Магнуса и рассказавшим о тёмных силах, что находятся в варпе, повлияли на решение Волчьего Короля. Лоргар рассказал, что видел зло, скрывавшееся за завесой реальности, и что именно силы Тысячи Сыновей являются величайшим оружием, способным этому злу противостоять. Осознав, что любые обвинения в адрес Магунса являются бессмысленными пережитками прошлого, Русс обрушил свою ярость на тех, кто раньше сильнее прочих критиковал примарха Тысячи Сынов. К концу совета, выслушав мнения сторон, Император потребовал тишины и высказал своё решение: обвинять Магнуса в том, что он псайкер — по меньшей мере бессмысленно, но и угроза бесконтрольного применения психических сил должна была быть устранена. Учреждение организации библиариев и распространение её среди легионов космодесанта должно было обеспечить психическую безопасность самих Астартес, а через них и всего человечества. К тому же, Сам Император был псайкером, самым могущественным из всех живущих и из всех кто когда-либо жил. Если Магнуса следует судить за его природу, то будут ли это значить, что и сам Император должен предстать перед судом? На протяжении множества веков, что последовали с того дня, Никейский Совет будут называть Оправданием Магнуса.
Хорус, величайший из примархов, любимый сын Императора и носитель титула Магистра Войны, оказывается при смерти, получив ранение от удара отравленного клинка предателя на луне планеты Давин. Наука и медицина оказываются бессильны, и Сыны Хоруса в отчаянии переправляют Хоруса на Давин, в объятья таинственной секты Храма Змеи. Астартес были даны обещания, что примарх будет жить, если все ритуалы проведут в необходимых условиях. Если Имперская Истина не смогла спасти Хоруса Луперкаля, возможно силы Древних Богов помогут ему. Когда Хорус оказался в Храме Давина, к нему начали приходить видения. Являвшиеся к нему во снах демоны открыли перед Магистром Войны варианты будущего и тайны прошлого. Страдая от отчаяния и выбирая между жизнью и смертью Хорус колебался. Всё изменило появление духа Магнуса, предвидевшего ужасающие события и сумевшего убедить Хоруса принять верное решение. В ярости и горе от осознания того, что их примарх погиб, Сыны Хоруса подвергают планету Давин экстреминатусу. Магистр Войны пал и теперь титул верховного главнокомандующего должен перейти Робауту Жиллиману.
Легион Темных Ангелов, Первый Легион, под руководством Льва Эль’Джонсона, подавляет сепаратиское движение на Истваане III. Лев использует эту победу, чтобы выразить своё недовольство притязаниями примарха Ультрадесанта на бывший титул Хоруса, рассуждая, что если даже Хорусу не удалось объединить под своим началом армии человечества, если даже он допускал восстание миров Империума, то и Жиллиману не удастся вести за собой Великий Крестовый Поход. Робаут, по мнению Льва, не был достоин подобной чести.
Через какое-то время после того, как к Императору доставили тело Его сына, он выступил с заявлением, что ни один примарх больше не получит титул Магистра Войны. И Лев, и Воин Король болезненно отреагировали на такое решение и временно прекратили военные действия, а заодно перестали выходить на связь с властями Империума. Грядущие события откроют истинное значение этих действий, но пока весь Империум склонился в трауре по павшему примарху Хорусу, которого потомки нарекут Величайшим из примархов.

После неудачной попытки осквернения Хоруса, Губительные Силы обратили свой взор на двух других примархов, боровшихся за столь желанное звание Магистра Войны. Со времени исчезновения Жиллимана от него ничего не было слышно, но когда всякие попытки выйти на связь с Ультрамаром потерпели неудачу, и выдвигалось решение направить разведывательные силы на встречу с XIII легионом, Жиллиман вновь показывается на планете Мирал. Имея за спиной более полумиллиона Астартес. Воин Король приводит свои планы в движение.
Притязания Жиллимана на титул Магистра Войны вопреки приказу Императора, вызывают угрозу власти Терры. На планету Мирал отправляются экспедиционные силы Железных Рук, Детей Императора, Саламандр, Альфа-Легиона и Псов Войны, для определения лояльности Робаута и привлечение его к ответу за свои действия. По прибытию в систему Мирал, легионы Императора к своему ужасу обнаруживают, что легион Ультрадесанта превосходит по численности все легионы лоялистов вместе взятые, в то время как сам легион Жиллимана не был намерен вести переговоры. Ультрадесант восстаёт против Империума и начинает войну. Во время планетарного штурма Мирала, грамотные тактические действия Робаута срывают высадку лоялистов, вызывая хаос и путаницу среди флота, зависшего на орбите. В создавшейся анархии Ферус Манус по ошибке погибает от рук Фулгрима, примарх Вулкан пропадает без вести, а лояльность Ангрона ставится под сомнение.
Разгром сил лоялистов на Мирале открывает перед Жиллиманом новые возможности. В свете жертв с обеих сторон, Робаут приказывает всем апотикарием что находятся под его командованием, собрать всё доступное геносемя оставшееся на поле боя. Получение огромного количества геносемени укрепляет его и без того немалые силы, но угроза смешения разных геномов может представлять угрозу в будущем. Чудовищное святотатство совершенное на Мирале будет порицаться Империумом и получит название «Эдикта падальщиков».
Альфа-Легион, оказавшийся разбитым после Мирала, начинает партизанскую и диверсионную войну в беспрецедентных масштабах. Альфарий публично клянется в верности Императору и обещает отомстить предателям. Тайная война легиона велась на протяжении всей Ереси и лишь небольшая часть операций оказалась известна. Силами Альфа-Легиона поддерживается постоянная угроза армиям предателей; нарушаются линии снабжения, совершаются диверсии и тыловые удары.
Гвардия Ворона попадает в засаду легиона Саламандр переметнувшихся на сторону Жиллимана. После того как Вулкан потерпел неудачу пытаясь завербовать Коракса, Саламандры впервые после своего исчезновения на Мирале начинают боевые действия. Застав в врасплох флот XIX легиона, Саламандры вынудили Гвардию Ворона высадится на поверхность джунглевой планеты Наман, где их уже ждали войны Вулкана. Легион Коракса понёс чудовищные потери, а судьба самого примарха осталась неизвестной. Более поздние данные указывают на то, что примарх Корвус Коракс участвовал в секретном проекте по восстановлению численности легиона. Легион и их примарх дали клятву «Nevermore», и пообещали отомстить за зверства Саламандр и их предательских союзников.
Во время хаоса последних событий, уже успевший разочароваться в разрастающейся имперской бюрократии и чрезмерном насилии восставших, Хан объявляет о независимости от Империума. Белые Шрамы, верные только самим себе и своему примарху, не принимают чью-либо сторону и защищают только свою карманную империю. Во время анархии разрастающейся по галактике гражданской войны, легион Хана заметно укрепляет свои позиции, прибавляя в численности и присоединяя к своему ханству пятую часть Империума, захватив многие миры галактического ядра и северо-восточного региона Империума. В состав Великого Ханства включают Мальстрим, превращая его в опорную базу легиона в замен потерянного Чогориса.
После почти полувека проведенного на Терре возводя Имперский Дворец, легион Имперских Кулаков передают свой пост в руки Железных Воинов и отправляются на Инвит с которым было потеряно всякое сообщение. Что на самом деле произошло на родной планете Рогала Дорна остаётся неизвестным. Ходили слухи, что тёмные жрецы осквернили планету и обратили всё население в еретическую веру. Сыграв на чувствах Рогала Дорна, не желавшего потерять свой родной мир, они заманили VII легион в ловушку. Уничтожив сопротивление на поверхности планеты, легиону пришлось углубиться вглубь огромных катакомб и туннелей, уходивших вглубь на километры для того, чтобы уничтожить логовища гниющих существ появляющихся из недр планеты. Вернувшийся из глубин легион уже не был прежним: некогда благородные Имперские Кулаки превратились в худых, жилистых тварей, несущих на себе знаки мора и скверны. Когда чудовищный флот Имперских Кулаков вернулся на Терру, они обрушились на неё со всей яростью, пользуясь эффектом неожиданности. Забыв про свои клятвы, бывшие преторианцы Императора, пытались уничтожить всё, что когда-то создали.
После таинственного вторжения огромной орочей орды на Калт, Ультрадесант оказывается застигнутым врасплох и теряет практически весь свой флот, готовящийся на вервях Калта для наступательной войны против Империума. Эль’Джонсон становится новым лидером восстания, переманивая на свою сторону большинство бывших сторонников Жиллимана. Принимая дары Темных Богов, Лев собирает армию для наступления на Терру, дабы убить Императора, раз и навсегда завершить гражданскую войну и получить власть над галактикой, которая была обещана ему Богами.
Преследуя предателя Сангвиния и его обезумевший легион Кровавых Ангелов, Псы Войны под командованием Ангрона, настигают еретиков на планете Армагеддон, которую во времена Великого Крестового Похода пришлось завоёвывать как Кровавым Ангелам, так и Псам Войны. Ангрона встречает разрушенный до основания мир усеянный горами человеческих трупов. Посреди руин столичного города, Псы Войны и Кровавые Ангелы сходятся в смертельной битве. Понеся страшные потери, Псы Войны всё же теснят берсеркеров Сангвиния, но пролитая на Армагеддоне кровь, призывает в реальный мир армии демонов, которые тут же начинают истреблять легион Ангрона. Темный примарх Сангвиний вступает в дуэль с Ангроном и побеждает. Примарх XII легиона мертв, а остатки Псов Войны отступают с планеты приобретя вечную ненависть к Кровавым Ангелам. Позже, руины города, в которых был практически истреблён легион Псов Войны, будут названы Лабиринтом Крови.