Древний шаолиньский турнир «Смертельная битва» всегда славился своим кодексом чести. Две сражающиеся стороны уважали друг в друге воинов вне зависимости от чувств, которые они испытывали к сопернику. Но однажды «Смертельная битва» изменилась навсегда.
История вселенной Mortal Kombat началась задолго до наших дней. Земное царство всегда привлекало силы зла из других миров, и они использовали любую лазейку, чтобы начать вторжение. Первой ласточкой стала победа четырехрукого шокана Горо над земным воином монахом Кунг Лао. После этого Горо под покровительством колдуна Шанг Цунга одерживал верх во всех турнирах, и каждая его победа означала ослабление барьеров Земного царства.
Прошло пятьсот лет, и покровитель Земли, бог грома и молнии Рэйден выставил свою последнюю надежду — молодого Лю Канга, потомка Кунг Лао. Плечом к плечу с ним сражались актер Джонни Кейдж и лейтенант Соня Блейд. Турнир закончился поражением Шанг Цунга и Горо. На этом же состязании решилась судьба двух ниндзя — Скорпиона и Саб-Зиро.
Шанг Цунг вернулся к своему повелителю, императору Внешнего мира Шао Кану. Кан организовал новый турнир для захвата Земного царства — на этот раз во Внешнем мире — и даровал колдуну молодость. На турнире впервые «засветились» принцесса царства Эдения по имени Китана, младший брат Саб-Зиро, напарник Сони Блейд майор Джексон Бриггз (он же Джакс) и новый генерал Шао Кана шокан Кинтаро. Вновь армия Кана была разгромлена, Кинтаро убит, а воины Земного царства вернулись домой. Но угроза не исчезла.
Спустя некоторое время Кан добился-таки своего и начал слияние двух миров — Земного царства и Внешнего мира. Слияние произошло при поддержке матери Китаны, королевы Эдении Синдел, которую Кан воскресил и подчинил себе. На Земле воцарился хаос, и летучие отряды под предводительством кентавра Мотаро начали убивать воинов по всему царству. Теперь это был не турнир, а война между двумя сторонами за выживание. Силы Земли повергли приспешников Шао Кана, и объединение миров было остановлено. Китане удалось вернуть Синдел память, и обе вернулись в Эдению.
На этом закончилась эра вторжения Шао Кана, но вовсе не история Смертельной битвы. Павший бог Шиннок и его приспешник, колдун Куан Чи, завладели амулетом, который позволял открывать порталы между царствами. Они вторглись в Эдению, убили всех высших богов, кроме Рэйдена и бога ветра Фуджина, и попытались захватить Земное царство. Зло вновь было побеждено, Шиннок уничтожен, а Эдения освобождена. Куан Чи пропал в Низшем царстве. Тогда же состоялась последняя битва между Саб-Зиро и Скорпионом.
В Низшем царстве Куан Чи узнал секрет непобедимой армии Короля драконов и заключил с колдуном Шанг Цунгом союз для ее воссоздания. Перед этим совместными усилиями они нашли и уничтожили скрывавшихся Шао Кана и Лю Канга. Против заговорщиков сражались лучшие воины, но поодиночке они проиграли: были убиты Соня, Джакс, Китана, Кунг Лао и Джонни Кейдж. Зло наконец-то победило. Но внезапно два союзника ополчились друг на друга, и битву выиграл Куан Чи. Победа была недолгой: из-за ящера Рептайла возродилось древнее зло — бывший правитель Внешнего мира Онага, более известный как Король драконов.
Сразу после появления Онаги Рэйден попытался уничтожить его, но только случайно убил Шанг Цунга и Куан Чи. Король драконов превратил поверженных воинов в зомби и послал свои армии под предводительством таркатана Бараки против Земного царства. Нападение потерпело фиаско. В то же время объявился древний воин Шуджинко, который придумал, как уничтожить Онагу. Собрав воедино все силы погибших воинов Земли, при поддержке Саб-Зиро, Скорпиона и Кунг Лао он победил Короля драконов. Теперь Земное царство могло вздохнуть с облегчением. Но надолго ли?

Спецназ и Черный дракон
Эти объединения состоят в отношениях «полицейский-преступник». В состав Сил специального назначения входят лейтенант Соня Блейд, майор Джексон Бриггз, увеличивший свою силу механическими руками, слепой Кенши и некто Гемини — все они поставили перед собой цель истребить преступную группировку Черного дракона. Их козыри — огнестрельное оружие, механика и боевые искусства. Позже отряд был переформирован в Разведывательное управление Внешнего мира.

Черный дракон — преступная группировка Земного царства — состоял из лидера Кэно с электронным красным глазом, Джарека, Безликого, Таси и Тремора. Силы спецназа уничтожили организацию Черного дракона, однако позже ее восстановил в новом качестве Кабал.
Красный дракон
Тайная организация, цель которой — уничтожение Черного дракона. Известные члены организации — Дейгон, Мавадо и Су Хао. Желая держать свое существование в тайне, они решают использовать Спецназ в своих целях. Мавадо направляет своего подчиненного, Су Хао, внедрится в Разведывательное управление Внешнего мира и помогать им в розыске и устранении последних членов Черного дракона, миссия, которую он успешно выполняет. Впоследствии Су Хао был убит Джаксом при попытке уничтожить подземный портал Разведывательного управления.
Лин Куэй и Ширай Рю
Два клана ниндзя, настоящие смертельные враги. Лин Куэй, пожалуй, самая известная организация в саге. Это древний китайский клан, бойцы которого носят одинаковую форму разного цвета. Самые известные — братья Саб-Зиро, Сайрекс, Сектор, Смоук и Шуджинко. К началу объединения миров Шао Каном лидеры Лин Куэй решили принудительно снабдить своих воинов кибернетическими телами. Первыми стали Сайрекс (LK-4D4) и Сектор (LK-9T9), за ними последовал Смоук. Младший Саб-Зиро бежал из клана, а позже в честном бою вырвал лидерство над кланом. Бойцы Лин Куэй сильны боевой магией — холод, дымовая завеса и многое другое.
Ширай Рю — японский аналог клана, основанный изгнанным из Лин Куэй Такедой. Самый известный ниндзя клана (и популярный персонаж игр) — Скорпион. Все войны Ширай Рю в насмешку над Лин Куэй носят желтую униформу.
Орден Света и войны Земного царства
Два сообщества — оба защитники царств и воины света. Орден Света, состоящий из шаолиньских войнов, основал Клан белого лотоса под предводительством бога Рэйдена. Цель клана — защита миров от внешних вторжений (например, со стороны Шао Кана). В клан входили Лю Канг, Кунг Лао, Кай и Бо Раи Чо. Войны Земли, также возглавляемые Рэйденом, оберегали исключительно родное царство. В них входили и Орден Света, и Силы специального назначения, и другие персонажи-одиночки вроде индейца Найтвульфа и полицейского Кертиса Страйкера.
Шао Кан, Братство Тени и Смертоносный альянс
Силы зла представлены тремя крупными группировками. Шао Кан трижды пытался захватить Земное царство — дважды при помощи турниров и на третий раз путем объединения миров. Генералы армии Шао Кана — шоканы Горо и Кинтаро, кентавр Мотаро и реинкарнированный Кэно. Многие бойцы вселенной «Смертельной битвы» были приспешниками Кана, однако после его смерти от рук Куан Чи и Шанг Цунга фракция прекратила существование.
Еще до смерти Кана существовало Братство Тени под предводительством изгнанного бога Шиннока. В нее входили колдун Куан Чи, ниндзя Рейко и Нуб Сайбот, девушки Таня, Милена и Сарина. Смерть Шиннока поставила на фракции жирный крест.
Последний известный союз — Смертоносный альянс — поставил перед собой цель возрождения непобедимой армии Короля драконов. Его лидеры Шанг Цунг и Куан Чи сговорились для достижения своих целей, однако вскоре восстали друг против друга. Появление Короля драконов заставило их вновь объединиться и почти сразу же погибнуть.

Боги
Стоит упомянуть и бессмертных созданий в лице богов Земного царства и Старших богов. Первых изначально было пятеро — по четыре от каждой стихии (один из них — бог ветра Фуджин) и бог грома и молнии Рэйден. После победы над Братством Тени Рэйдена «повысили» до Старшего бога. Второй известный нам Старший бог, Шиннок, был изгнан еще в древние времена.